안녕하세요. 오너스 경영연구소 추장호 팀장입니다. 오늘은 중소기업 대표님들이 세금 절감 목적으로 가장 많이 관심을 가지시면서도 막상 잘못 설립했다가 세무조사로 이어지는 경우도 적지 않은 주제, 기업부설연구소에 대해 솔직하게 이야기해 보려 합니다.
기업부설연구소, 설립 요건부터 제대로 알아야 합니다
현장에서 대표님들을 만나다 보면 이런 말씀을 자주 듣는다.
"기업부설연구소 설립하면 세금 많이 아낀다고 하던데, 저도 할 수 있을까요?"
기업부설연구소는 말 그대로 연구를 목적으로 하는 조직이다. 자체적인 연구개발 분야와 연구개발 조직이 갖춰진 상태에서 정부 인정을 받아 연구개발 활동을 더 원활하게 하기 위해 설립하는 것이 본래 취지다. 세금 혜택은 그 일부일 뿐이다.
기업부설연구소와 비슷한 개념으로 연구개발 전담부서가 있다. 두 가지는 개념적으로 동일하지만 규모의 차이가 있다. 연구개발 담당자가 한 명이라면 연구개발 전담부서로, 연구소로 운영할 수 있는 물리적 시스템이 갖춰져 있다면 기업부설연구소로 가는 것이 맞다.
인정 요건은 인적 요건과 물적 요건으로 나뉜다.
인적 요건부터 살펴보면, 연구전담요원은 자연계열 또는 공학계열 4년제 학사 이상이어야 한다. 3년제 전문학사는 1년, 2년제 전문학사는 2년의 연구개발 경력이 있어야 한다. 인원수 요건은 기업 규모에 따라 다르다. 벤처기업이나 3년 미만 소기업, 연구원 창업 기업은 2명으로 가능하고, 소기업은 3명, 중기업은 5명, 중견기업은 7명, 대기업은 10명 이상이 요구된다.
물적 요건도 까다롭다. 일반 사무실과 물리적으로 분리된 독립 공간이어야 하고 고정형 벽체로 막혀 있는 별도의 공간이어야 한다. 여기에 연구개발 장비도 갖춰져 있어야 한다. 단, 서비스업의 경우에는 파티션으로 구분된 공간도 인정되는 경우가 있다. 모든 요건을 갖춘 후 한국산업기술진흥협회에 신청하면 통상 2주 이내에 인정서가 발행된다.
세액공제 혜택, 크지만 그만큼 위험도 큽니다
기업부설연구소를 설립하는 가장 큰 이유는 역시 세액공제다. 조세특례제한법상 중소기업은 연구개발비의 최대 25%를 법인세에서 공제받을 수 있다. 더 중요한 점은 이 연구개발 세액공제는 최저한세 적용도 받지 않는다는 것이다. 즉 세금이 거의 제로가 될 때까지 공제가 가능하다. 농어촌특별세도 부과되지 않는다. 그 외에도 연구개발용 수입 물품에 대한 관세 면제, 연구인력 파견 및 인건비 지원 혜택도 있다.
하지만 여기서 반드시 말씀드려야 할 것이 있다.
세무조사관들 사이에서 기업부설연구소 연구개발 세액공제는 이미 잘 알려진 검토 항목이다. 연구개발 세액공제가 신고서에 들어가 있으면 그 자체가 조사의 출발점이 되는 경우가 많다. 연구원이 실제로 연구 활동을 하고 있는지, 현장에 상근하고 있는지, 연구 노트와 연구개발 계획서, 연구개발 보고서가 제대로 갖춰져 있는지를 집중적으로 들여다본다.
실제로 연구전담인력으로 등록된 직원이 현장 관리자 명단에도 이름이 올라가 있어 전담인력으로 인정받지 못하고 관련 세액공제 전액이 부인된 사례도 있다. 세액공제 혜택이 클수록 그만큼 사후 리스크도 크다는 것을 반드시 염두에 두셔야 한다.
기업부설연구소, 사후 관리가 진짜 핵심입니다
기업부설연구소는 설립보다 유지가 더 어렵다.
매년 4월 연구개발 활동 조사 보고서를 제출해야 하고, 불시 점검도 존재한다. 한국산업기술진흥협회의 점검뿐 아니라 국세청이 실제 연구 활동 여부를 확인하기 위해 현장에 나오는 경우도 있다. 점검 시에는 반드시 연구원 중 한 명이 자리를 지키고 있어야 하고 명함도 준비되어 있어야 한다.
무엇보다 연구 활동이 실제로 이루어지고 있다는 기록이 핵심이다. 연구개발 계획서 → 연구 노트 → 연구개발 보고서의 흐름이 내부적으로 체계적으로 정리되어 있어야 한다. 담당 세무사에게도 연구개발의 목적과 내용을 명확하게 공유해 두는 것이 필수다.
국세청도 이 문제를 인식하고 사전점검 제도를 운영하고 있다. 정당하게 연구개발을 진행하고 있는 대표님이라면 사전점검을 받은 후 세액공제를 신청하면 조기 경보 시스템 대상에서 제외될 수 있다.
마지막으로 한 가지만 말씀드리겠다. 기업부설연구소는 세액공제만을 목적으로 설립하면 반드시 문제가 생긴다. 실제 연구 활동이 뒷받침되고 그것이 기록으로 증명될 수 있을 때, 비로소 세액공제도 안전하게 받을 수 있다. 절세보다 먼저 실질이 있어야 한다는 것이 기업부설연구소를 다루는 내 기본 원칙이다.
앞으로도 오너스 경영연구소는 기업부설연구소, 벤처기업 인증, 정책자금, 이익소각 등 대표님들이 현장에서 실제로 마주하는 주제를 칼럼으로 이어갈 예정이다. 몰라서 손해 보는 일이 없도록, 그 자리에서 끝까지 함께하겠다.
추장호 팀장 | 오너스 경영연구소
- - 前 신용평가사 기업분석 담당
- 유니스트(UNIST) 기술경영 대학원 석사
- 중소기업 재무·정부지원금 컨설팅 경력 다수
- 정부 인증·정책자금·세무 연계 종합 자문 경험 보유
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