대구시교육청은 2월 12일 국회 행정안전위원회 법안심사 제1소위원회를 통과한 「대구경북통합특별시 설치 특별법안」과 관련해, 교육재정 지원 대책이 법안에 반영되지 않았고 목적세인 지방교육세가 지방세 세율 조정 대상에 포함된 데 대해 깊은 우려를 표명했다.

이번 소위원회 통과 법안에는 교육청이 지속적으로 요구해 온 통합특별교육교부금 신설과 국가 차원의 교육재정 지원 방안이 담기지 않았다. 반면 특별시세 세율을 100분의 100 범위에서 가감 조정할 수 있도록 규정해, 지방세 세율 조정이 현실화될 경우 지자체로부터 교육청에 전입되는 재원이 대폭 줄어들 가능성이 제기됐다.

대구교육청이 2026년 대구·경북 본예산 기준으로 분석한 결과 통합 이후 지방교육세, 시도세, 담배소비세 전입금 감소 규모는 최대 7천165억 원에 이를 것으로 추산됐다. 교육청은 이를 단순한 재정 조정이 아닌 지역 교육 정책의 기반을 약화시키는 구조적 손실로 보고 있다.

특히 지방교육세는 지방교육의 질적 향상과 교육자치의 자주성을 보장하기 위해 도입된 목적세로, 이를 세율 조정 대상에 포함시키는 것은 교육재정의 독립성을 훼손할 우려가 크다는 입장이다.

아울러 통합 이후에는 두 교육청 행정체계 통합, 교원 인사제도 정비, 전산·정보시스템 일원화, 도시·농촌 간 교육격차 해소, 광역 교육인프라 구축 등으로 연간 1조 원 이상 추가 재정이 필요할 것으로 예상된다. 그러나 이에 대한 국가 재정 지원 근거 역시 이번 법안에는 명확히 담기지 않았다.