최근 대법원이 해외 특허 사용료에 대한 과세 범위를 확대했습니다(대법원 2025.09.18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결). 국내 등록이 없는 미국 특허라도 기술이 국내에서 사용되면 사용료가 국내원천소득으로 과세될 수 있습니다. 기업의 세무 리스크와 실무 대응 방안을 정리합니다.

1. 사건의 배경
SK하이닉스는 미국 특허권자와의 분쟁을 종결하고, 미국 특허 사용 대가로 매년 약 160만 달러를 지급하였습니다. 이에 대해 SK하이닉스는 해당 특허가 한국에 등록되지 않았으므로 국내원천소득이 아니라고 주장하며 법인세 환급을 청구하였지만, 세무당국은 이를 거부하면서 소송으로 이어졌습니다.
2. 쟁점
쟁점은 국내에 등록되지 않은 해외 특허 사용료가 국내원천소득으로 과세할 수 있는지 여부였습니다. 과거 판례는 특허권 속지주의*에 따라, 국내 미등록 특허에 대한 사용료는 과세 대상이 아니라고 보아 왔습니다(*특허권 속지주의 : 특허권은 등록된 국가 내에서만 효력을 가지는 지역적 제한성).
3. 대법원 판결(대법원 2025.09.18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결)
1) 다수의견
이번 대법원 전원합의체 판결은 기존 입장을 뒤집고, 다음과 같이 판단하였습니다.
특허의 ‘사용’은 특허권 행사가 아니라 특허 기술의 이용을 의미하며,
기술이 국내 제조·판매 과정에서 활용된다면, 그 사용 대가는 국내원천소득으로 과세 가능하고,
한미조세협약의 ‘특허 사용’ 정의 역시 등록 여부에 한정되지 않고, 무형자산 기술의 사용을 포함한다고 해석되므로,
이에 따라, SK하이닉스의 지급금은 국내원천소득으로 보아야 한다고 판시하였습니다.
2) 반대의견
일부 대법관은 속지주의를 중시하여 이번 사용료가 미국 내 실시 대가일 뿐 국내 사용료는 아니라고 보았으나, 이는 소수 의견에 그쳤습니다.
4. 실무적 의미
위 대법원 판결의 내용이 갖는 실무적 의미를 살펴보면 다음과 같습니다.
세무 리스크 확대: 해외 특허권자에게 지급하는 로열티도 국내 과세대상이 될 수 있습니다.
계약 검토 필요: 특허 사용 계약 시 기술이 국내에서 활용되는지 여부를 확인해야 합니다.
분쟁 대비 필요: 납세자가 국내 사용 실체 부존재를 입증해야 할 부담이 커졌습니다.
이번 판결은 특허권 등록 여부보다 국내에서의 기술 사용 여부를 과세 판단 기준으로 삼은 중요한 변화입니다. 해외 특허 사용과 관련된 계약 및 세무 전략을 새롭게 점검해야 할 시점이라고 할 것입니다.

- 칼럼니스트 특허법인 서한 변리사 김동운
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- 학력
- 고려대학교 기계공학과
- 경력
- 특허청 특허심판원 국선대리인
- 중소벤처기업부 중소기업 기술보호 지원반
- 발명진흥회 특허기술평가 전문위원
- 발명진흥회 지식재산 가치평가 품질관리 외부전문가
- 중소기업중앙회 경영지원단
- (사)서울경제인협회 지식재산 자문위원








