[한국공공정책신문=허강호 기자] □ 국회입법조사처(처장 이관후)는 2025년 5월 13일(화), 「과학기술분야 출연연 운영규정 제정의 의미와 과제」라는 제목의『이슈와 논점』 보고서를 발간하였다.
○ 이 보고서는 지난 3월 제정된 「과학기술분야 정부출연연구기관 운영에 관한 규정」(이하 “운영규정”)의 주요 내용과 의미 및 그 한계를 살펴보고 입법과제를 제시하는 것을 목적으로 한다.
□ 과학기술정보통신부는 공공기관에서 지정 해제됨으로써 출연연 운영에서 발생하는 제도적 공백 및 법적 불확실성에 대응하고자 2025년 3월 4일 운영규정을 과학기술정보통신부훈령으로서 제정 및 시행하였다.
○ 2024년 1월 과학기술분야 정부출연연구기관(이하 “출연연”)은 연구 현장의 자율성과 독립성을 강화에 대한 지속적인 요구에 따라 17년 만에 공공기관에서 지정 해제되었다.
○ 운영규정은 출연연의 공공기관 지정 해제 이후 1년여 만에 마련된 종합적인 첫 운영지침으로서, 출연연이 공공기관의 틀에서 벗어나 독립적 운영체계를 확립하기 위한 제도적 초석이라 할 수 있다.
□ 운영규정의 제정은 일견 하나의 훈령 추가 정도로 보일 수 있으나, 법제적 한계 등 중요한 문제를 안고 있다.
○ 첫째, 운영규정은 출연연에 대한 조직, 인사, 예산 운영 전반에 대해 구체적 기준을 제시함으로써 실질적인 ‘준입법적’ 규범으로 기능하고 있으나, 상위법인 과기출연기관법(「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」)의 명시적 위임이 없는 행정규칙으로서 법체계상 문제의 소지가 있다.
- 훈령이라는 행정규칙이 갖는 특성상 운영방식에서 부처의 자율성이 확보될 수 있다. 하지만 동시에 연구회와 출연연에 대한 부처의 과도한 행정개입의 소지가 크고 제도의 지속성 담보가 어려울 수 있다.
○ 둘째, 운영규정상 새롭게 도입된 ‘종합점검’은 기존의 ‘기관운영평가‘와 ‘연구사업평가’를 통합한 체계로서, 현행법이 명시하는 평가제도의 전환을 의도한다. 이에 따라 관련 법률들의 개정도 촘촘히 이루어져야 하지만, 현재까지 개정안이 발의된 바는 없다.
□ 운영규정의 법적 정당성과 실효성, 그리고 출연연의 독립성과 자율성을 확보하기 위해 다음의 과제가 선결되어야 한다.
○ 운영규정은 출연연 운영에 관해 실질적 구속력을 가지는 규정을 담고 있는 만큼, 상위규범인 과기출연기관법에 명확한 근거규정을 마련하여, 법체계적 안정성과 정합성을 확보하는 것이 중요하다.
○ ‘종합점검’ 체계의 도입은 현행 법률과 정합성을 확보하는 방향으로 연구성과평가법(「국가연구개발사업 등의 성과평가 및 성과관리에 관한 법률」), 과기출연기관법, 「과학기술기본법」 등의 관련 조항을 정비함과 동시에, 현장과의 소통을 통해 더욱 정교하게 제도를 정립함으로써 불완전성을 해소할 필요가 있다.
□ 나아가 연구회와 소관 출연연, 부처 직할 연구기관 등 공공부문 연구기관의 운영과 협력에 관한 법제 전반을 진단하고 재정비해야 한다.
○ 연구회 체계 밖에서 연구기관 설립이 계속되고 있고 상호 협력의 필요성이 더욱 증대되고 있으므로 개별 연구회 범위를 넘어서는 국가연구체계를 재구축하기 위한 논의가 필요하다. 이는 경제·인문사회분야에도 마찬가지이다.
○ 또한 공공기관 지정 대상에서 출연연 등 주요 연구기관을 아예 제외하기 위한 공공기관운영법(「공공기관의 운영에 관한 법률」) 개정도 검토해야 한다.
- 현재는 과학기술분야 연구기관만 공공기관에서 지정 해제되고 경제·인문사회분야 연구기관은 여전히 공공기관으로 지정되어 있어 형평성 문제가 제기될 수 있고, 법률 개정 없이 지정 해제 조치만 있어 지속성에 대한 우려도 큰 상황이다.
- 현행 공공기관운영법 제4조(공공기관) 제2항은 한국방송공사와 한국교육방송공사 등을 공공기관으로 지정할 수 없다는 점을 명시하고 있다. 국가연구체계 법제 정비 방향에 따라 과학기술분야뿐만 아니라 경제·인문사회분야 연구기관의 경우에도 지정 대상에서 제외하는 입법이 검토될 필요가 있다.








